Đã có hai cuộc thanh trừng nho sĩ dưới triều đại của Yên Sơn Quân, thiết lập lên một chu trình báo thù kéo dài trong năm mươi năm.

Năm 1494, ngày 20 tháng 1, Yên Sơn quân trở thành Vương của Triều Tiên. Ban đầu, ông được đánh giá là người anh minh, quan tâm và phát triển quân đội cũng như có rất nhiều hành động bảo vệ người nghèo. Chuyện bắt đầu khi ông có hành động điên rồ giết chết một trong những cận thần của ông thuở đầu khi làm vua. Bản thân ông cũng không biết bất cứ một chuyện gì về cái chết của mẹ mình. Nhưng một số đại thần bị thất sủng như Nhậm Sĩ Hồng (任士洪) và Liễu Tử Quang (柳子光) đã cho ông biết sự thật. Yên Sơn Quân tức giận và bắt giữ nhiều đại thần có liên quan. Tất cả đều bị sát hại sau đó, sự kiện này xảy ra vào năm 1498 và được gọi là Mậu Ngọ sĩ họa (무오사화; 戊午士禍) hay Cuộc thanh trừng lần thứ nhất.

Ngày 20 tháng 3 năm 1504, trong cơn cuồng loạn ông ra lệnh đánh đập, hành hạ cho đến chết hai vị Quý nhân Trịnh thị và Quý nhân Nghiêm thị đều là hậu cung nội mệnh phụ của tiên vương vì cho rằng họ có âm mưu hãm hại khiến mẫu thân của ông bị truất phế vương vị, đồng thời buông lời đại bất kính miệt thị Nhân Tuý Đại vương đại phi (tức nội tổ mẫu của ông) cùng Từ Thuận Đại phi (tức Trinh Hiển vương hậu, đích kế mẫu của ông) vì cho rằng hai vị trên có liên quan đến việc phế truất và ban chết mẫu thân của ông, khiến Đại vương đại phi Nhân Tuý vì uất ức mà sinh bệnh qua đời không lâu sau đó.

Cũng trong năm đó ông xử tử rất nhiều học giả Nho giáo trước đây đã tấu lên vua Thành Tông để phế truất mẹ mình, và đào mộ của Hàn Minh Quái để chặt đầu tử thi; được lịch sử gọi là Giáp Tý sĩ họa (갑자사화, 甲子士禍) hay Cuộc thanh trừng lần thứ hai.